Despues de tener la muestra ya sea sangre, piel, tejidos etc y hacer la respectiva extraccion de adn lo que procedemos es diseñar primers, fragmentos de ADN que tienen la misma secuencia que los extremos de las regiones flanquentes para poder amplificar un microsatélite a través de una PCR.
Los fragmentos así producidos son separados de acuerdo a su longitud en pares de base a través de una electroforesis en gel de agarosa. Ya que en un microsatélite sólo varía el
número de repeticiones dentro del motivo repetitivo; fragmentos que
tienen el mismo tamaño, así determinado por la electroforesis en gel de poliacrilamida, tienen la misma secuencia, de manera que todos los fragmentos de un mismo tamaño representarían un alelo.
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